La citologia oftalmològica és una tècnica diagnòstica basada en el estudi a nivell microscòpic de cèl·lules i microorganismes recol·lectats en diferents localitzacions de l'ull segons el cas.
La citologia ocular és una eina fonamental en el diagnòstic de malalties de la superfície ocular ja que permet determinar lorigen del procés i així aplicar la teràpia més adaptada a cada cas. Moltes vegades les mostres poden ser obtingudes de la superfície ocular amb hisop o amb raspall citològic però en determinats casos són precises puncions amb agulla fina (PAF) per prendre les cèl·lules que seran estudiades sota el microscopi.